В 2009 г. на основании приказа Федерального агентства по образованию от 14.07.2009 №790 «Об открытии докторантур в образовательных учреждениях высшего и дополнительного профессионального образования» в Казанском ГАУ открыта докторантура по 2 научным специальностям:
05.20.01 — Технологии и средства механизации сельского хозяйства;
08.00.05 — Экономика и управление народным хозяйством (экономика, организация и управление предприятиями, отраслями и комплексами).